Pure and Applied Chemistry

Pure Appl. Chem., 2012, Vol. 84, No. 9, pp. 1857-1866

http://dx.doi.org/10.1351/PAC-CON-11-11-07

Published online 2012-05-22

Structure- and ligand-based drug design approaches for neglected tropical diseases

References

• 1. P. G. Ruminski. Future Med. Chem. 3, 1253 (2011). (http://dx.doi.org/10.4155/fmc.11.83)
• 2. R. S. Ferreira, R. V. C. Guido, A. D. Andricopulo, G. Oliva. Expert Opin. Drug Discov. 6, 481 (2011). (http://dx.doi.org/10.1517/17460441.2011.563297)
• 3. E. Chatelain, J. R. Ioset. Drug Discov. Dev. Ther. 5, 175 (2011).
• 4. J. Cohen, M. S. Dibner, A. Wilson. PLoS One 5, e10610 (2010). (http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0010610)
• 5. P. H. Jakobsen, M. W. Wang, S. Nwaka. PLoS Negl. Trop. Dis. 5, e1221 (2011). (http://dx.doi.org/10.1371/journal.pntd.0001221)
• 6. S. Nwaka, B. Ramirez, R. Brun, L. Maes, F. Douglas, R. Ridley. PLoS Negl. Trop. Dis. 3, e440 (2009). (http://dx.doi.org/10.1371/journal.pntd.0000440)
• 7. L. D. Chiaradia, P. G. A. Martins, M. N. S. Cordeiro, R. V. C. Guido, G. Ecco, A. D. Andricopulo, R. A. Yunes, J. Vernal, R. J. Nunes, H. Terenzi. J. Med. Chem. 55, 390 (2012). (http://dx.doi.org/10.1021/jm2012062)
• 8. A. D. Andricopulo, R. A. Yunes, R. J. Nunes, A. O. S. Savi, R. Correa, A. B. Cruz, V. Cechinel. Quim. Nova 21, 573 (1998). (http://dx.doi.org/10.1590/S0100-40421998000500008)
• 9. R. V. C. Guido, G. Oliva, A. D. Andricopulo. Comb. Chem. High Throughput Screening 14, 830 (2011). (http://dx.doi.org/10.2174/138620711797537067)
• 10. L. Tan, J. Batista, J. Bajorath. Chem. Biol. Drug Des. 76, 191 (2010).
• 11. T. T. Talele, S. A. Khedkar, A. C. Rigby. Curr. Top. Med. Chem. 10, 127 (2010). (http://dx.doi.org/10.2174/156802610790232251)
• 12. R. V. C. Guido, G. Oliva. Curr. Top. Med. Chem. 9, 824 (2009). (http://dx.doi.org/10.2174/156802609789207064)
• 13. P. J. Hajduk, J. Greer. Nat. Rev. Drug Discov. 6, 211 (2007). (http://dx.doi.org/10.1038/nrd2220)
• 14. L. B. Salum, A. D. Andricopulo. Mol. Divers. 13, 277 (2009). (http://dx.doi.org/10.1007/s11030-009-9112-5)
• 15. V. Olin-Sandoval, R. Moreno-Sanchez, E. Saavedra. Curr. Drug Targets 11, 1614 (2010).
• 16. R. L. Krauth-Siegel, H. Bauer, H. Schirmer. Angew. Chem., Int. Ed. 44, 690 (2005). (http://dx.doi.org/10.1002/anie.200300639)
• 17. R. L. Krauth-Siegel, O. Inhoff. Parasitol. Res. 90, S77 (2003). (http://dx.doi.org/10.1007/s00436-002-0771-8)
• 18. S. Patterson, D. C. Jones, E. J. Shanks, J. A. Frearson, I. H. Gilbert, P. G. Wyatt, A. H. Fairlamb. ChemMedChem 4, 1341 (2009). (http://dx.doi.org/10.1002/cmdc.200900098)
• 19. C. Eberle, B. S. Lauber, D. Fankhauser, M. Kaiser, R. Brun, R. L. Krauth-Siegel, F. Diederich. ChemMedChem 6, 292 (2011). (http://dx.doi.org/10.1002/cmdc.201000420)
• 20. H. M. Berman, J. Westbrook, Z. Feng, G. Gilliland, T. N. Bhat, H. Weissig, I. N. Shindyalov, P. E. Bourne. Nucleic Acids Res. 28, 235 (2000). (http://dx.doi.org/10.1093/nar/28.1.235)
• 21. M. Bredel, E. Jacoby. Nat. Rev. Genet. 5, 262 (2004). (http://dx.doi.org/10.1038/nrg1317)
• 22. C. J. Harris, A. P. Stevens. Drug Discov. Today 11, 880 (2006). (http://dx.doi.org/10.1016/j.drudis.2006.08.013)
• 23. Y. L. Yang, S. J. Adelstein, A. I. Kassis. Drug Discov. Today 14, 147 (2009). (http://dx.doi.org/10.1016/j.drudis.2008.12.005)
• 24. J. H. McKerrow, P. J. Rosenthal, R. Swenerton, P. Doyle. Curr. Opin. Infect. Dis. 21, 668 (2008). (http://dx.doi.org/10.1097/QCO.0b013e328315cca9)
• 25. J. H. McKerrow, C. Caffrey, B. Kelly, P. Loke, M. Sajid. Annu. Rev. Pathol. 1, 497 (2006). (http://dx.doi.org/10.1146/annurev.pathol.1.110304.100151)
• 26. L. H. Miller, D. I. Baruch, K. Marsh, O. K. Doumbo. Nature 415, 673 (2002). (http://dx.doi.org/10.1038/415673a)
• 27. C. Teixeira, J. R. B. Gomes, P. Gomes. Curr. Med. Chem. 18, 1555 (2011). (http://dx.doi.org/10.2174/092986711795328328)
• 28. J. H. McKerrow, J. C. Engel, C. R. Caffrey. Bioorg. Med. Chem. 7, 639 (1999). (http://dx.doi.org/10.1016/S0968-0896(99)00008-5)
• 29. V. Ehmke, C. Heindl, M. Rottmann, C. Freymond, W. B. Schweizer, R. Brun, A. Stich, T. Schirmeister, F. Diederich. ChemMedChem 6, 273 (2011). (http://dx.doi.org/10.1002/cmdc.201000449)
• 30. K. Brak, P. S. Doyle, J. H. McKerrow, J. A. Ellman. J. Am. Chem. Soc. 130, 6404 (2008). (http://dx.doi.org/10.1021/ja710254m)
• 31. B. T. Mott, R. S. Ferreira, A. Simeonov, A. Jadhav, K. K. H. Ang, W. Leister, M. Shen, J. T. Silveira, P. S. Doyle, M. R. Arkin, J. H. McKerrow, J. Inglese, C. P. Austin, C. J. Thomas, B. K. Shoichet, D. J. Maloney. J. Med. Chem. 53, 52 (2010). (http://dx.doi.org/10.1021/jm901069a)
• 32. R. V. C. Guido, G. H. Trossini, M. S. Castilho, G. Oliva, E. I. Ferreira, A. D. Andricopulo. J. Enzyme Inhib. Med. Chem. 23, 964 (2008). (http://dx.doi.org/10.1080/14756360701810322)
• 33. K. M. Honorio, R. C. Garratt, I. Polikarpov, A. D. Andricopulo. J. Mol. Graphics Model. 25, 921 (2007). (http://dx.doi.org/10.1016/j.jmgm.2006.09.003)
• 34. R. V. C. Guido, M. S. Castilho, S. G. R. Mota, G. Oliva, A. D. Andricopulo. QSAR Comb. Sci. 27, 768 (2008). (http://dx.doi.org/10.1002/qsar.200710139)
• 35. C. L. Cardoso, V. V. Lima, A. Zottis, G. Oliva, A. D. Andricopulo, I. W. Wainer, R. Moaddel, Q. B. Cass. J. Chromatogr., A 1120, 151 (2006). (http://dx.doi.org/10.1016/j.chroma.2005.10.063)
• 36. R. V. C. Guido, C. L. Cardoso, M. C. de Moraes, A. D. Andricopulo, Q. B. Cass, G. Oliva. J. Braz. Chem. Soc. 21, 1845 (2010). (http://dx.doi.org/10.1590/S0103-50532010001000008)
• 37. K. N. de Oliveira, L. D. Chiaradia, P. G. A. Martins, A. Mascarello, M. N. S. Cordeiro, R. V. C. Guido, A. D. Andricopulo, R. A. Yunes, R. J. Nunes, J. Vernal, H. Terenzi. MedChemComm 2, 500 (2011). (http://dx.doi.org/10.1039/c0md00253d)
• 38. A. Mascarello, L. D. Chiaradia, J. Vernal, A. Villarino, R. V. Guido, P. Perizzolo, V. Poirier, D. Wong, P. G. Martins, R. J. Nunes, R. A. Yunes, A. D. Andricopulo, Y. Av-Gay, H. Terenzi. Bioorg. Med. Chem. 18, 3783 (2010). (http://dx.doi.org/10.1016/j.bmc.2010.04.051)
• 39. R. D. Cramer, D. E. Patterson, J. D. Bunce. J. Am. Chem. Soc. 110, 5959 (1988). (http://dx.doi.org/10.1021/ja00226a005)
• 40. R. D. Cramer 3^rd, D. E. Patterson, J. D. Bunce. Prog. Clin. Biol. Res. 291, 161 (1989).
• 41. G. Klebe, U. Abraham, T. Mietzner. J. Med. Chem. 37, 4130 (1994). (http://dx.doi.org/10.1021/jm00050a010)
• 42. G. Klebe, U. Abraham. J. Comput.-Aided Mol. Des. 13, 1 (1999). (http://dx.doi.org/10.1023/A:1008047919606)
• 43. I. Garcia, Y. Fall, G. Gomez. Curr. Pharm. Des. 16, 2666 (2010). (http://dx.doi.org/10.2174/138161210792389225)
• 44. I. Garcia, Y. Fall, G. Gomez. Curr. Bioinf. 6, 215 (2011).
• 45. K. K. Roy, S. S. Bhunia, A. K. Saxena. Chem. Biol. Drug Des. 78, 483 (2011).
• 46. A. H. Xie, S. Odde, S. Prasanna, R. J. Doerksen. J. Comput.-Aided Mol. Des. 23, 431 (2009). (http://dx.doi.org/10.1007/s10822-009-9278-z)
• 47. R. V. C. Guido, G. Oliva, C. A. Montanari, A. D. Andricopulo. J. Chem. Inf. Model. 48, 918 (2008). (http://dx.doi.org/10.1021/ci700453j)
• 48. G. H. Trossini, R. V. Guido, G. Oliva, E. I. Ferreira, A. D. Andricopulo. J. Mol. Graph. Model. 28, 3 (2009). (http://dx.doi.org/10.1016/j.jmgm.2009.03.001)
• 49. P. B. McKay, M. B. Peters, G. Carta, C. T. Flood, E. Dempsey, A. Bell, C. Berry, D. G. Lloyd, D. Fayne. Bioorg. Med. Chem. Lett. 21, 3335 (2011). (http://dx.doi.org/10.1016/j.bmcl.2011.04.015)
• 50. G. F. Ruda, G. Campbell, V. P. Alibu, M. P. Barrett, R. Brenk, I. H. Gilbert. Bioorg. Med. Chem. 18, 5056 (2010). (http://dx.doi.org/10.1016/j.bmc.2010.05.077)
• 51. M. Jacobsson, M. Garedal, J. Schultz, A. Karlen. J. Med. Chem. 51, 2777 (2008). (http://dx.doi.org/10.1021/jm7016144)
• 52. P. V. Desai, A. Patny, J. Gut, P. J. Rosenthal, B. Tekwani, A. Srivastava, M. Avery. J. Med. Chem. 49, 1576 (2006). (http://dx.doi.org/10.1021/jm0505765)
• 53. M. S. Castilho, M. P. Postigo, H. M. Pereira, G. Oliva, A. D. Andricopulo. Bioorg. Med. Chem. 18, 1421 (2010). (http://dx.doi.org/10.1016/j.bmc.2010.01.022)
• 54. M. P. Postigo, R. Krogh, M. F. Terni, H. M. Pereira, G. Oliva, M. S. Castilho, A. D. Andricopulo. J. Braz. Chem. Soc. 22, 583 (2011). (http://dx.doi.org/10.1590/S0103-50532011000300024)
• 55. M. P. Postigo, R. V. Guido, G. Oliva, M. S. Castilho, R. P. I. da, J. F. de Albuquerque, A. D. Andricopulo. J. Chem. Inf. Model. 50, 1693 (2010). (http://dx.doi.org/10.1021/ci100128k)